#ম্যাক্রো এবং মাইক্রো-টেস্ট দ্বারা যুগান্তকারী টিবি এবং ডিআর-টিবি ডায়াগনস্টিক সমাধান!

যক্ষ্মা রোগ নির্ণয় এবং ড্রাগ প্রতিরোধের সনাক্তকরণের জন্য একটি নতুন অস্ত্র: যক্ষ্মা অত্যধিক সংবেদনশীলতা নির্ণয়ের জন্য মেশিন লার্নিংয়ের সাথে মিলিত একটি নতুন প্রজন্মের টার্গেটেড সিকোয়েন্সিং (tNGS)

সাহিত্য রিপোর্ট: CCa: টিএনজিএস এবং মেশিন লার্নিংয়ের উপর ভিত্তি করে একটি ডায়াগনস্টিক মডেল, যা কম ব্যাকটেরিয়া যক্ষ্মা এবং যক্ষ্মা মেনিনজাইটিসযুক্ত লোকেদের জন্য উপযুক্ত।

থিসিস শিরোনাম: টিউবারকুলাস-লক্ষ্যযুক্ত পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং এবং মেশিন লার্নিং: প্যাসিফিক পালমোনারি টিউবুলার এবং টিউবুলার মেনিনজাইটিসের জন্য একটি অতি-সংবেদনশীল ডায়গনিস্টিক কৌশল।

পর্যায়ক্রমিক: 《ক্লিনিকা চিমিকা অ্যাক্টা》

IF: 6.5

প্রকাশের তারিখ: জানুয়ারী 2024

ইউনিভার্সিটি অফ চাইনিজ একাডেমি অফ সায়েন্সেস এবং ক্যাপিটাল মেডিকেল ইউনিভার্সিটির বেইজিং চেস্ট হসপিটালের সাথে মিলিত, ম্যাক্রো এবং মাইক্রো-টেস্ট নতুন প্রজন্মের টার্গেটেড সিকোয়েন্সিং (tNGS) প্রযুক্তি এবং মেশিন লার্নিং পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে একটি যক্ষ্মা রোগ নির্ণয়ের মডেল তৈরি করেছে, যা অতি-উচ্চতা প্রদান করেছে। অল্প কিছু ব্যাকটেরিয়া এবং যক্ষ্মা মেনিনজাইটিস সহ যক্ষ্মা সনাক্তকরণের সংবেদনশীলতা, দুটি ধরণের যক্ষ্মা রোগের ক্লিনিকাল নির্ণয়ের জন্য একটি নতুন অতি সংবেদনশীলতা নির্ণয়ের পদ্ধতি প্রদান করেছে এবং যক্ষ্মা রোগের সঠিক নির্ণয়, ওষুধ প্রতিরোধের সনাক্তকরণ এবং চিকিত্সায় সহায়তা করেছে।একই সময়ে, এটি পাওয়া যায় যে রোগীর প্লাজমা cfDNA টিবিএম নির্ণয়ের ক্ষেত্রে ক্লিনিকাল স্যাম্পলিংয়ের জন্য উপযুক্ত নমুনার ধরণ হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে।

এই সমীক্ষায়, 227টি প্লাজমা নমুনা এবং সেরিব্রোস্পাইনাল ফ্লুইড নমুনা দুটি ক্লিনিকাল কোহর্ট স্থাপনের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, যেখানে ল্যাবরেটরি ডায়াগনস্টিক কোহর্টের নমুনাগুলি যক্ষ্মা নির্ণয়ের মেশিন লার্নিং মডেল প্রতিষ্ঠা করতে ব্যবহৃত হয়েছিল, এবং ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিক কোহর্ট নমুনাগুলি প্রতিষ্ঠিত যাচাই করতে ব্যবহার করা হয়েছিল। ডায়গনিস্টিক মডেল।সমস্ত নমুনা প্রথমে মাইকোব্যাকটেরিয়াম যক্ষ্মার জন্য বিশেষভাবে ডিজাইন করা লক্ষ্যযুক্ত ক্যাপচার প্রোব পুল দ্বারা লক্ষ্যবস্তু করা হয়েছিল।তারপর, TB-tNGS সিকোয়েন্সিং ডেটার উপর ভিত্তি করে, ডিসিশন ট্রি মডেলটি পরীক্ষাগার ডায়াগনস্টিক সারির প্রশিক্ষণ এবং বৈধতা সেটগুলিতে 5-গুণ ক্রস-ভ্যালিডেশন সঞ্চালনের জন্য ব্যবহার করা হয় এবং প্লাজমা নমুনা এবং সেরিব্রোস্পাইনাল ফ্লুইড নমুনাগুলির ডায়াগনস্টিক থ্রেশহোল্ডগুলি প্রাপ্ত করা হয়।প্রাপ্ত থ্রেশহোল্ড সনাক্তকরণের জন্য ক্লিনিকাল রোগ নির্ণয়ের সারির দুটি পরীক্ষা সেটে আনা হয় এবং ROC বক্ররেখা দ্বারা শিক্ষার্থীর ডায়গনিস্টিক কর্মক্ষমতা মূল্যায়ন করা হয়।অবশেষে যক্ষ্মা রোগ নির্ণয়ের মডেল পাওয়া গেল।

চিত্র 1 গবেষণা নকশার পরিকল্পিত চিত্র

ফলাফল: এই গবেষণায় নির্ধারিত CSF DNA নমুনা (AUC = 0.974) এবং প্লাজমা cfDNA নমুনার (AUC = 0.908) নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ড অনুসারে, 227 নমুনার মধ্যে, CSF নমুনার সংবেদনশীলতা ছিল 97.01%, নির্দিষ্টতা ছিল 95.65%, এবং রক্তরস নমুনার সংবেদনশীলতা এবং নির্দিষ্টতা ছিল 82.61% এবং 86.36%।টিবিএম রোগীদের থেকে প্লাজমা সিএফডিএনএ এবং সেরিব্রোস্পাইনাল ফ্লুইড ডিএনএ-র 44 জোড়া নমুনার বিশ্লেষণে, এই গবেষণার ডায়গনিস্টিক কৌশলটি প্লাজমা সিএফডিএনএ এবং সেরিব্রোস্পাইনাল ফ্লুইড ডিএনএ-তে 90.91% (40/44) এর উচ্চ সামঞ্জস্য রয়েছে এবং 945% sensitivity। (৪২/৪৪)।পালমোনারি যক্ষ্মা আক্রান্ত শিশুদের ক্ষেত্রে, এই গবেষণার ডায়গনিস্টিক কৌশলটি একই রোগীদের (28.57% VS 15.38%) থেকে গ্যাস্ট্রিক রসের নমুনার এক্সপার্ট সনাক্তকরণের ফলাফলের তুলনায় প্লাজমা নমুনার প্রতি বেশি সংবেদনশীল।

চিত্র 2 জনসংখ্যার নমুনার জন্য যক্ষ্মা নির্ণয়ের মডেলের বিশ্লেষণ কর্মক্ষমতা

চিত্র 3 জোড়া নমুনার ডায়গনিস্টিক ফলাফল

উপসংহার: এই গবেষণায় যক্ষ্মা রোগের জন্য একটি অতি সংবেদনশীল ডায়গনিস্টিক পদ্ধতি প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল, যা অলিগোব্যাসিলারি যক্ষ্মা (নেতিবাচক সংস্কৃতি) সহ ক্লিনিকাল রোগীদের জন্য সর্বোচ্চ সনাক্তকরণ সংবেদনশীলতার সাথে একটি ডায়াগনস্টিক টুল প্রদান করতে পারে।রক্তরস cfDNA-এর উপর ভিত্তি করে হাইপারসেনসিটিভ যক্ষ্মা সনাক্তকরণ সক্রিয় যক্ষ্মা এবং যক্ষ্মা মেনিনজাইটিস নির্ণয়ের জন্য একটি উপযুক্ত নমুনা হতে পারে (মস্তিষ্কের যক্ষ্মা সন্দেহযুক্ত রোগীদের জন্য সেরিব্রোস্পাইনাল ফ্লুইডের চেয়ে প্লাজমা নমুনা সংগ্রহ করা সহজ)।

মূল লিঙ্ক: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?%3Dihub এর মাধ্যমে

ম্যাক্রো এবং মাইক্রো-টেস্ট যক্ষ্মা শনাক্তকরণ সিরিজের পণ্যগুলির সংক্ষিপ্ত পরিচিতি

যক্ষ্মা রোগীদের জটিল নমুনা পরিস্থিতি এবং বিভিন্ন প্রয়োজনের পরিপ্রেক্ষিতে, ম্যাক্রো এবং মাইক্রো-টেস্ট থুতুর নমুনা থেকে তরল নিষ্কাশন, কোয়ালকম লাইব্রেরি নির্মাণ এবং সিকোয়েন্সিং এবং ডেটা বিশ্লেষণের জন্য এনজিএস সমাধানের একটি সম্পূর্ণ সেট সরবরাহ করে।পণ্যগুলি যক্ষ্মা রোগীদের দ্রুত নির্ণয়, যক্ষ্মা রোগের ওষুধ প্রতিরোধের সনাক্তকরণ, মাইকোব্যাকটেরিয়াম যক্ষ্মা এবং এনটিএম টাইপিং, ব্যাকটেরিয়া-নেতিবাচক যক্ষ্মা এবং যক্ষ্মা রোগীদের অতি সংবেদনশীলতা নির্ণয় ইত্যাদি কভার করে।

যক্ষ্মা এবং মাইকোব্যাকটেরিয়ার জন্য সিরিয়াল সনাক্তকরণ কিট:

আইটেম নংঃ	পণ্যের নাম	পণ্য পরীক্ষার বিষয়বস্তু	নমুনার ধরন	প্রযোজ্য মডেল
HWTS-3012	নমুনা রিলিজ এজেন্ট	থুতুর নমুনার তরলীকরণ চিকিত্সায় ব্যবহৃত, একটি প্রথম-শ্রেণীর রেকর্ড নম্বর পেয়েছে, সুটং মেশিনারি ইকুইপমেন্ট 20230047।	থুতনি
HWTS-NGS-P00021	হাইপারসেনসিটিভ যক্ষ্মার জন্য কোয়ালকম পরিমাণ সনাক্তকরণ কিট (প্রোব ক্যাপচার পদ্ধতি)	ব্যাকটেরিয়া-নেতিবাচক পালমোনারি যক্ষ্মা এবং মস্তিষ্কের নোডুলসের জন্য অ-আক্রমণকারী (তরল বায়োপসি) অতি সংবেদনশীলতা সনাক্তকরণ;যক্ষ্মা বা নন-যক্ষ্মা মাইকোব্যাকটেরিয়া দ্বারা সংক্রামিত বলে সন্দেহ করা লোকদের নমুনাগুলি উচ্চ-গভীর সিকোয়েন্সিং মেটাজেনোমিক্স দ্বারা বিশ্লেষণ করা হয়েছিল এবং যক্ষ্মা বা নন-যক্ষ্মা মাইকোব্যাকটেরিয়া সংক্রামিত ছিল কিনা তা সনাক্তকরণের তথ্য এবং মাইকোব্যাকটেরিয়াম টিউবারকুলোসিসের প্রধান প্রথম সারির ওষুধ প্রতিরোধের তথ্য। প্রদান করা হয়েছে.	পেরিফেরাল রক্ত, অ্যালভিওলার ল্যাভেজ ফ্লুইড, হাইড্রোথোরাক্স এবং অ্যাসাইটস, ফোকাস পাংচার নমুনা, সেরিব্রোস্পাইনাল ফ্লুইড।	দ্বিতীয় প্রজন্মের
HWTS-NGS-T001	মাইকোব্যাকটেরিয়াম টাইপিং এবং ড্রাগ রেজিস্ট্যান্স ডিটেকশন কিট (মাল্টিপ্লেক্স এমপ্লিফিকেশন সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি)	MTBC এবং 187 NTM সহ মাইকোব্যাকটেরিয়াম টাইপিং পরীক্ষাআমিমাইকোব্যাকটেরিয়াম যক্ষ্মার ওষুধ প্রতিরোধের সনাক্তকরণ 13টি ওষুধ এবং ড্রাগ প্রতিরোধের জিনের 16টি মূল মিউটেশন সাইটকে কভার করে।	স্পুটাম, অ্যালভিওলার ল্যাভেজ ফ্লুইড, হাইড্রোথোরাক্স এবং অ্যাসাইটস, ফোকাস পাংচার স্যাম্পল, সেরিব্রোস্পাইনাল ফ্লুইড।	দ্বিতীয়/তৃতীয় প্রজন্মের দ্বৈত প্ল্যাটফর্ম

হাইলাইটস: HWTS-NGS-T001 মাইকোব্যাকটেরিয়াম টাইপিং এবং ড্রাগ রেজিস্ট্যান্স ডিটেকশন কিট (মাল্টিপ্লেক্স অ্যামপ্লিফিকেশন পদ্ধতি)

পণ্য পরিচিতি

পণ্যটি ডব্লিউএইচও টিবি চিকিত্সা নির্দেশিকাতে বর্ণিত প্রধান প্রথম এবং দ্বিতীয় সারির ওষুধের উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয়েছে, ম্যাক্রোলাইডস এবং অ্যামিনোগ্লাইকোসাইডগুলি সাধারণত এনটিএম চিকিত্সা নির্দেশিকাগুলিতে ব্যবহৃত হয় এবং ড্রাগ প্রতিরোধের সাইটগুলি সমস্ত এক গ্রুপের ওষুধ প্রতিরোধ-সম্পর্কিত সাইটগুলিকে কভার করে। ডব্লিউএইচও মাইকোব্যাকটেরিয়াম যক্ষ্মা জটিল মিউটেশন ক্যাটালগ, সেইসাথে অন্যান্য রিপোর্ট করা ড্রাগ রেজিস্ট্যান্স জিন এবং মিউটেশন সাইটগুলি দেশে এবং বিদেশে উচ্চ-স্কোরিং সাহিত্যের তদন্ত এবং পরিসংখ্যান অনুসারে।

টাইপিং শনাক্তকরণ এনটিএম স্ট্রেনের সংক্ষিপ্ত সারাংশের উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয়েছে এনটিএম নির্দেশিকাতে যা প্রকাশিত হয়েছে চাইনিজ জার্নাল অফ টিবারকিউলোসিস অ্যান্ড রেসপিরেটরি ডিজিজেস এবং বিশেষজ্ঞদের সম্মতির ভিত্তিতে।ডিজাইন করা টাইপিং প্রাইমারগুলি 190 টিরও বেশি NTM প্রজাতিকে প্রসারিত, ক্রম এবং টীকা করতে পারে।

টার্গেটেড মাল্টিপ্লেক্স পিসিআর অ্যামপ্লিফিকেশন প্রযুক্তির মাধ্যমে, মাইকোব্যাকটেরিয়ামের জিনোটাইপিং জিন এবং ড্রাগ-প্রতিরোধী জিনগুলি মাল্টিপ্লেক্স পিসিআর দ্বারা প্রশস্ত করা হয়েছিল, এবং সনাক্ত করা লক্ষ্য জিনের অ্যামপ্লিকন সংমিশ্রণ প্রাপ্ত হয়েছিল।পরিবর্ধিত পণ্যগুলি দ্বিতীয়-প্রজন্ম বা তৃতীয়-প্রজন্মের উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরিতে তৈরি করা যেতে পারে, এবং সমস্ত দ্বিতীয়-প্রজন্ম এবং তৃতীয়-প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মগুলি লক্ষ্য জিনের ক্রম তথ্য প্রাপ্ত করার জন্য উচ্চ-গভীর সিকোয়েন্সিং এর শিকার হতে পারে।অন্তর্নির্মিত রেফারেন্স ডাটাবেসে থাকা পরিচিত মিউটেশনগুলির সাথে তুলনা করে (WHO মাইকোব্যাকটেরিয়াম যক্ষ্মা জটিল মিউটেশন ক্যাটালগ এবং ড্রাগ প্রতিরোধের সাথে এর সম্পর্ক সহ), ড্রাগ প্রতিরোধ বা যক্ষ্মাবিরোধী ওষুধের সংবেদনশীলতার সাথে সম্পর্কিত মিউটেশনগুলি নির্ধারণ করা হয়েছিল।ম্যাক্রো এবং মাইক্রো-টেস্টের স্ব-খোলা থুতুর নমুনা চিকিত্সা সমাধানের সাথে মিলিত, ক্লিনিকাল থুতুর নমুনার কম নিউক্লিক অ্যাসিড পরিবর্ধন দক্ষতার সমস্যা (প্রথাগত পদ্ধতির তুলনায় দশ গুণ বেশি) সমাধান করা হয়েছিল, যাতে ড্রাগ প্রতিরোধের সিকোয়েন্সিং সনাক্তকরণ সম্ভব হয়। সরাসরি ক্লিনিকাল থুতুর নমুনায় প্রয়োগ করা হয়।

পণ্য সনাক্তকরণ পরিসীমা

34ড্রাগ প্রতিরোধের সাথে সম্পর্কিত জিন18যক্ষ্মা বিরোধী ওষুধ এবং6এনটিএম ওষুধ ধরা পড়ে, আচ্ছাদন297ড্রাগ প্রতিরোধের সাইট;দশ ধরনের মাইকোব্যাকটেরিয়াম যক্ষ্মা এবং তারও বেশি190NTM-এর ধরন সনাক্ত করা হয়েছে।

সারণী 1: 18+6 ওষুধের তথ্য +190+এনটিএম

পণ্য সুবিধা

শক্তিশালী ক্লিনিকাল অভিযোজনযোগ্যতা: থুতুর নমুনাগুলি সংস্কৃতি ছাড়াই স্ব-তরলীকরণ এজেন্টের সাথে সরাসরি সনাক্ত করা যেতে পারে।

পরীক্ষামূলক অপারেশন সহজ: পরিবর্ধন অপারেশনের প্রথম রাউন্ড সহজ, এবং লাইব্রেরি নির্মাণ 3 ঘন্টার মধ্যে সম্পন্ন হয়, যা কাজের দক্ষতা উন্নত করে।

ব্যাপক টাইপিং এবং ড্রাগ রেজিস্ট্যান্স: MTB এবং NTM-এর টাইপিং এবং ড্রাগ রেজিস্ট্যান্স সাইটগুলিকে কভার করে, যা ক্লিনিকাল উদ্বেগের মূল বিষয়, সঠিক টাইপিং এবং ড্রাগ রেজিস্ট্যান্স সনাক্তকরণ, স্বাধীন বিশ্লেষণ সফ্টওয়্যার সমর্থন করে এবং এক ক্লিকে বিশ্লেষণ প্রতিবেদন তৈরি করে।

সামঞ্জস্যতা: পণ্য সামঞ্জস্য, মূলধারার ILM এবং MGI/ONT প্ল্যাটফর্মের সাথে খাপ খাইয়ে নেওয়া।

পণ্যের বিবরণ

পণ্য কোড	পণ্যের নাম	সনাক্তকরণ প্ল্যাটফর্ম	স্পেসিফিকেশন
HWTS-NGS-T001	মাইকোব্যাকটেরিয়াম টাইপিং এবং ড্রাগ রেজিস্ট্যান্স ডিটেকশন কিট (মাল্টিপ্লেক্স পরিবর্ধন পদ্ধতি)	ONT 、 ইলুমিনা 、 MGI 、 সালাস প্রো	16/96rxn